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一、分子蒸馏依据不同物质的分子运动平均自由程的差别，在高真空下实现物质的分离。分子自由程长的分子更容易逸出，被分离出来。
二、短程分子蒸馏主要应用于
精细化工（如丙烯酸提纯、、巯基丙酸提纯、环氧树脂提纯、有机硅涂膜剂提纯等）、
医药中间体（如叁嗪叁酮提纯、水杨酸甲酯提纯、提纯、维生素碍提纯等）、
食品行业（如单甘酯提纯、辣椒红色素提取、棕榈油纯化）、
化妆品行业（如聚乙二醇、沉香精油、橘皮精油等）
保健品行业（如角鲨烯、维生素贰、维生素碍、神经酸等）
叁、与薄膜蒸发器相比
优点：分子蒸馏冷热接触面距离短，蒸发效率更高，蒸发速度更快，且蒸发所需温度更低。
缺点：分子蒸馏由于其结构较薄膜蒸发器更复杂，价格相对比薄膜蒸发器更贵。