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集菌仪的工作原理主要是通过蠕动器旋转运动，将集菌器从样本中分离出来，同时进行过滤，以达到收集细菌的目的。具体来说，集菌仪由蠕动器驱动，连接样本管道与集菌器，实现试样的传输与收集。

集菌仪的主要用途是在进行微生物学实验，特别是药物敏感性试验（如药敏试验）时，用于收集细菌。在临床实验室进行药敏试验时，集菌仪可以方便地将培养出来的细菌收集到特定的培养皿中，便于后续的观察和计数。同时，集菌仪也可用于血清凝集试验中，可以方便地将血清或血凝块等样本与相关稀释液或标记物混合，便于后续观察结果。

需要注意的是，虽然集菌仪在很多实验中都能发挥作用，但其使用需遵循相关实验规程，确保实验结果的准确性和可靠性。在使用集菌仪时，也应注意遵守相关操作规范，避免对仪器本身造成损害。